Прогон по каталогам ссылок не думаю что Вам что-то даст. По каталогам статей было бы неплохо.
Ваш сайт не проиндексирован Рамблером. Мне показывает всего в индексе 7!!! страниц против 4 тыс. У Яндекса. В Гугле тоже не очень, что-то около 1000. Соответственно, по Яндексу Ваш сайт может не занимать высоких позиций (не в топе), если специально не проводили оптимизацию (внешние ссылки, внутренная перелинковка и т.п.), а в Рамблере и Гугле, где топ достич проще, страниц в базе просто нет.
Сделайте нормальную карту сайта и повесьте ссылку на нее повыше на главной. Также у Вас на главной странице внизу расположен каталог ссылок (поэтому на главной у вас больше 600! внутренних ссылок, что не есть гуд), попробуйте его убрать временно и посмотрите на индексацию.

Четко поставленный вопрос уже содержит половину ответа.
и - это основные методы влияния на репутацию.
Как смотреть скрытые ссылки ? Как поднять репутацию ?