Много ссылок на главной или выкидывание большинства страниц на четвертый уровень?

Господа гуру!
Объясните, пожалуйста, все плюсы и минусы, кто понимает!
есть довольно большой каталог, который логически делится на три уровня (категория-подкатегория-позиция).
Но пунктов в подкатегориях бывает более 1000 и яндекс отказывается их индексировать - пишет слишком много ссылок.
Можно пересмотреть каталог и сделать больше категорий, но тогда на главной получится несколько сотен ссылок.
Другой вариант добавить еще один уровень, но тогда основные позиции уйдут на 4й уровень.
Кто может подсказать плюсы и минусы вариантов?

Чтобы предложить структуру каталога - надо знать о чем каталог, ибо структура зачастую диктуется содержанием! О, как!
К примеру огромный каталог всякой фарм-дребедени в свое время делили по производителям и далее по назначению, рецептурные-безрецептурные-наркота и пр...
Если Вы имеете в виду тот сайт, чье название у Вас в подписи - то чем плохо административно-территориальное? Где там 1000 элементов набирается?
Мне кажется лучше бОльшее количество подкатегорий, чем много ссылок в одной... Несколько главных (5-10), в каждой - по десятку-другому-третьему подкатегорий и т.п. То есть почему бы не увеличить уровень вложенности? Не три уровня, а например, пять?!
Так сказать шишре крона иерархического древа и мощнее ствол!

umka from ufa, с 4УВ он не сможет продавать в сапе ссылки